Патоморфологиялық бөлім барлық морфологиялық әдістерді қолдана отырып, әртүрлі патологиялық жағдайлар мен локализацияларға патогистологиялық және Цитологиялық зерттеулер жүргізеді: гистологиялық, гистохимиялық, цитологиялық, иммунофлуоресцентті, иммуногистохимиялық және электронды микроскопиялық. Морфологиялық диагностика заманауи жабдықты: электронды микроскопты (Carl Zeiss), AXIOSKOP (Carl Zeiss) бағдарламалық құрылғысы бар кешенді, "Морфометрия -5" (Carl Zeiss) бейне тестімен AXIOSKOP FL 40 флуоресцентті кешенін, Cell Sens Standard және SISgetIT (OLYMPUS) бағдарламалары бар OLYMPUS кешенін пайдалана отырып жүзеге асырылады). Электрондық микроскопия зертханасы бар патоморфологиялық бөлімде Libra 120 Carl Zeiss заманауи трансмиссиялық электронды микроскопы және Leica u70 ультрамикротомы бар, ол барлық органдардың ауруларын ультрақұрылымдық деңгейде іргелі зерттеулер мен диагностикалауға мүмкіндік береді. Мұндай деңгейдегі электрондық микроскоп Қазақстан Республикасында нано — және жасушалық технологиялармен байланысты көптеген халықаралық шарттық ғылыми жұмыстар орындай алатын бірегей және жалғыз құрылғы болып табылады.
Тін деңгейіндегі патогистологиялық зерттеулер:
• Әртүрлі күрделілік санаттағы операциялық-биопсиялық материалды зерттеу;
• Бүйректің, бауырдың және өкпенің пункциялық биопсиясын зерттеу
• Күрделілігі әртүрлі санатты аутопсиялық материалды зерттеу;
• Интраоперациялық диагностика (экспресс);
• Гистохимиялық зерттеу;
• Иммунофлюоресценттік зерттеу;
• Иммугистохимиялық зерттеу;
• Операциялық-биопсиялық материалға консультация беру
Клеткалық деңгейдегі цитологиялық зерттеулер:
• Асқазанның шырышты қабығын зерттеу;
• Урогенитальды жол жағындыларын жыныстық жолмен берілетін патогенді флора мен инфекцияларға зерттеу;
• Романовский-Гимзе бойынша боялған эксфолиативті цитология;
• Романовский-Гимзе және Папаниколау бойынша онкоцитологиялық зерттеулер;
• Әр түрлі оқшауланған пунктаттарды зерттеу (Папаниколау бояуы);
Шұғыл цитология;
• Папаниколау бойынша микропрепараттарға кеңес беру
Ультрақұрылымдық деңгейдегі электрондық-микроскопиялық зерттеулер:
• Эпоксидті шайырға салынған жартылай түйірлі кесінділердің жарық микроскопиясы;
• Биоптаттың электрондық микроскопиясы;
• Ультратонкалық кесінділердің электрондық микроскопиясы;
• Төсеніші бар тордағы нано-желгілердің электрондық микроскопиясы
Патоморфологиялық бөлім қайтыс болған адамдар үшін
денелерін тоңазыту камерасында сақтау,
бальзамдау, қайтыс болған адам дәретханасы,
қоштасу рәсімі үшін зал,
қайтыс болған адамның мәйітін тасымалдау сияқты салт-дәстүрлік қызметтерді толық көлемде көрсетеді.
